Все инциденты и исправления, связанные с безопасностью проходят через Команду по безопасности и выпускаются, как публично доступные Бюллетени по безопасности (Advisories). Команда по безопасности имеет хорошую репутацию за быстрое решение известных проблем с безопасностью. Полная информация относительно процедур работы с безопасностью во FreeBSD и где искать информацию по безопасности доступна на http://www.FreeBSD.org/security/.

Одна из проблем, связанная с Open Source программным обеспечением - это точное количество пригодных приложений. Существуют почти что десятки тысяч проектов Open Source приложений, и каждый с различными уровнями ответной реакции на инциденты, связанные с безопасностью. FreeBSD приняла этот вызов вместе с VuXML. Всё программное обеспечение, поставляемое с операционной системой FreeBSD, так же, как и любое программное обеспечение доступное в Коллекции портов сравнивается с базой данных известных, неисправленных уязвимостей. Администратор может использовать portaudit(1) утилиту, чтобы быстро определить, есть ли на FreeBSD системе уязвимое программное обеспечение, и если есть, получить описание проблемы и URL, содержащее более детальное описание уязвимости.

Утилита jail(8) позволяет администратору <<заключать процесс в тюрьму>>; это идеально для приложений, которые не имеют собственного chroot окружения.

Утилита chflags(1) улучшает безопасность, предлагаемую традиционными Unix разрешениями. Она может, к примеру, предотвратить изменение или удаление указанных файлов даже суперпользователем.

FreeBSD предлагает 3 встроенных, поддерживающих NAT файерволов, предлагая больше возможностей для выбора набора правил наиболее подходящего для нужд безопасности.

Ядро FreeBSD легко модифицируется, позволяя администратору убирать ненужную функциональность. FreeBSD также имеет поддержку загрузочных модулей ядра и предоставляет утилиты для просмотра, загрузки и выгрузки модулей ядра.

Механизм sysctl позволяет администратору просматривать и изменять состояние ядра на лету без перезагрузки.